今回シェル内でhasManyに指定されたTagsにデータを追加する事をsave一つでやりたかったんです。
何かしっくりこない気がまだしていますが、とりあえずこんな感じかな。。
$article = $articles->get(1, ['contain' => 'Tags']); $data = $article->ToArray(); $data['tags'][] = [ 'name' => 'Tag Name', ]; $articles->patchEntity($article, $data, ['associated' => 'Tags']); $articles->save($article);